mRNA 表征检测产品方案

产品定位

面向 mRNA 疫苗与药物研发企业、CDMO 及科研机构，提供基于 Oxford Nanopore 长读长直接测序的 mRNA 一致性、完整性与结构表征检测服务，单次检测同步覆盖多项关键质量属性（CQA），替代传统正交方法的复杂流程，实现从 IVT 模板质粒到终产品 mRNA 的全链条质量控制。

产品一：mRNA 一致性与完整性检测

mRNA-Seq Direct RNA Sequencing

核心用途：直接对 mRNA 进行长读长测序，无需反转录为 cDNA，一次性评估多项 CQA
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项目内容
检测平台Oxford Nanopore Technologies（ONT）直接 RNA 测序
测序策略纳米孔直接读取全长 mRNA 分子，无需 cDNA 合成
读长特性平均读长 1-2 kb，最长可覆盖完整 mRNA 全长
单次检测 CQA序列一致性、poly(A) 尾长、片段化程度、碱基修饰（N1-甲基假尿苷等）
序列比对与理论参考序列进行全局比对，计算匹配度与变异位点
poly(A) 尾分析精确测量尾长分布（0-300 nt），评估尾长均一性
片段化检测识别截短 mRNA、降解片段及 5'/3' 端完整性
碱基修饰识别检测 N1-甲基假尿苷（m1Ψ）、假尿苷（Ψ）等修饰掺入效率
交付周期10-15 个工作日
交付物全长 mRNA 一致性序列、poly(A) 尾长分布图、片段化比例报告、碱基修饰谱、CQA 综合评估报告
核心优势：
  • 直接 RNA 测序：无需反转录，消除 cDNA 合成引入的偏倚与截短
  • 全长覆盖：单分子读取完整 mRNA，包括 5' 帽、UTR、CDS、poly(A) 尾
  • 多 CQA 并行：单次实验替代传统毛细管电泳、HPLC、质谱、Sanger 测序等多方法组合
  • 碱基修饰直接识别：通过电流信号特征区分修饰碱基与标准碱基
适用场景：
  • IVT mRNA 终产品的批次放行与稳定性监测
  • 不同 IVT 工艺条件（酶、模板、NTP 比例）的 mRNA 质量对比
  • 修饰核苷酸（m1Ψ、Ψ）掺入效率的精确评估
  • 储存条件（温度、缓冲液）对 mRNA 完整性的影响研究

产品二：IVT 模板质粒一致性检测

Plasmid-Seq Template Verification

核心用途：在体外转录前验证质粒模板序列完整性，并追溯 mRNA 产品中的质粒衍生杂质
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项目内容
检测平台Oxford Nanopore 长读长测序
测序策略质粒 de novo 组装 + 与参考序列比对
组装指标完整环状质粒零 gap 组装，覆盖启动子、编码区、poly(A) 信号、终止子
变异检测SNP、InDel、大片段重排、启动子突变
杂质溯源识别 mRNA 产品中残留的质粒 DNA 序列特征
交付周期10-15 个工作日
交付物质粒完成图序列、变异检测报告、与参考序列比对图、杂质溯源分析
核心优势：
  • 完整质粒覆盖：长读长跨越重复序列、高 GC 区，实现环状质粒一次性组装
  • 模板准确性验证：确保 IVT 模板与目标序列完全一致，避免转录错误累积
  • 杂质溯源：通过序列特征区分质粒来源与基因组来源 DNA 污染
适用场景：
  • IVT 模板质粒的入库放行与传代稳定性监测
  • mRNA 产品中 DNA 残留的来源鉴定
  • 质粒构建后的序列确证

产品三：mRNA 结构综合表征

mRNA-Struct Structural Profiling

核心用途：结合直接 RNA 测序与生物信息学分析，全面表征 mRNA 的二级结构与功能元件
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项目内容
检测平台ONT 直接 RNA 测序 + 计算结构预测
结构分析5' UTR 二级结构、IRES/Kozak 序列完整性、CDS 折叠状态
功能元件验证5' 帽结构（Cap0/Cap1）、poly(A) 尾、UTR 调控元件
稳定性关联结构特征与 mRNA 半衰期、翻译效率的关联分析
交付周期15-20 个工作日
交付物结构预测图谱、功能元件注释报告、稳定性评估建议
适用场景：
  • mRNA 序列优化后的结构功能验证
  • 不同 UTR/密码子优化方案的表征对比
  • 5' 帽类似物效率的功能验证

三级产品协同应用建议

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应用场景推荐组合目的
IVT 工艺开发产品二（质粒验证）+ 产品一（mRNA 检测）从源头到终产品的全链条质量控制
mRNA 批次放行产品一（mRNA 一致性）单次检测覆盖多项 CQA，快速放行
稳定性研究产品一（纵向时间点）+ 产品三（结构变化）降解机制与结构稳定性关联分析
杂质调查产品二（质粒溯源）识别 DNA 残留来源
申报资料支持产品一 + 产品二 + 产品三完整的 mRNA 表征数据包

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果审计
  • 直接 RNA 测序：无需 cDNA 反转录，消除传统方法的偏倚与信息丢失
  • 单次多 CQA 覆盖：替代传统正交方法组合，降低复杂度与检测周期
  • 长读长全覆盖：从质粒模板到完整 mRNA 的全链条解析能力