菌种表征检测产品方案

产品定位

面向生物制药、食品发酵、工业微生物及科研领域，提供基于 ONT 长读长与 NGS 短读长联合测序的菌种 de novo 组装与变异分析服务，实现工程菌株、生产用菌种及标准菌株的全基因组级别表征验证与遗传稳定性监测。

产品：菌种一致性全基因组验证

Strain-Check Hybrid Assembly & Variant Analysis

核心用途：通过 ONT + NGS 混合组装与全基因组比对，验证菌种身份、检测遗传漂移、评估批次一致性
表格
项目内容
测序策略ONT 长读长（≥30×）+ Illumina NGS 短读长（≥50×）混合测序
组装方法de novo 组装，ONT 构建骨架 + NGS 矫正碱基精度
组装指标完成图（Complete Genome）：单染色体零 gap 组装，BUSCO 完整性 ≥98%
一致性比对与参考菌株或上一代种子批进行全基因组 SNP/InDel/CNV 比对
变异检测SNP、InDel、大片段缺失/重复、水平基因转移（HGT）、质粒获得/丢失
遗传距离量化全基因组平均核苷酸一致性（ANI）计算，判定同源性
功能影响评估变异位点基因注释，评估对代谢通路、产物合成、耐药性的潜在影响
交付周期20-25 个工作日
交付物完成图基因组序列（FASTA）、注释文件（GFF3）、变异检测 VCF、ANI 比对报告、一致性评估报告、可视化 Circos 图
核心优势：
  • 完成图级别组装：单染色体零 gap，rRNA 操纵子、插入序列（IS）、前噬菌体等复杂区域完整解析
  • ONT 跨越重复区域：长读长直接跨越高重复区，无需片段拼接
  • NGS 保证碱基精度：矫正 ONT 碱基错误，SNP 检测准确率 ≥99.99%
  • de novo 无参考偏差：不依赖公共参考基因组，直接还原菌株真实序列
  • 质粒/染色体外元件全覆盖：同步组装染色体与质粒，检测质粒拷贝数变异
  • 遗传漂移精确定量：传代过程中累积突变的位点、频率与功能影响
适用场景：
  • 工程菌株（大肠杆菌、酵母、枯草芽孢杆菌等）构建后的身份确证
  • 生产用菌种（MCB/WCB）与标准菌株的全基因组一致性比对
  • 长期传代或发酵生产后的遗传稳定性监测
  • 菌种知识产权确权（与公共菌株或竞品菌株的差异分析）
  • 发酵异常（产物下降、杂蛋白增加）时的基因组根本原因分析

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果审计
  • 菌种类型全覆盖：细菌（革兰氏阴性/阳性）、酵母、丝状真菌、放线菌均可检测
  • 混合组装优化：ONT + NGS 双平台数据互补，兼顾连续性与准确性