载体图谱表征检测产品方案

产品定位

面向基因治疗、细胞治疗、重组蛋白及疫苗研发企业，提供基于 Nanopore 长读长测序的载体全序列 de novo 组装服务，一次性解决传统酶切图谱与 Sanger 测序的片段化、覆盖不全等问题，实现质粒、病毒载体完整序列的精准解析。

产品：载体长读长 de novo 组装

Vector-Seq Nanopore Assembly

核心用途：载体全序列从头组装，实现单分子分辨率级别的结构完整性验证
表格
项目内容
测序平台Oxford Nanopore Technologies（ONT）长读长测序
读长特性N50 ≥ 10 kb，最长读长可达 100 kb 以上
测序深度≥50×（根据载体大小调整）
组装策略de novo 组装，无需参考序列，直接还原载体真实结构
分析内容全序列一致性序列、ORF 注释、调控元件定位、ITR/LTR 完整性、载体多聚体/串联体检测
变异检测SNP、InDel、大片段缺失/重复、重排、ITR 截短/翻转
异质性分析载体群体异质性比例定量（完整型 vs 截短型 vs 多聚体）
宿主残留检测大肠杆菌基因组、质粒骨架序列残留识别
交付周期10-15 个工作日
交付物组装一致性序列（FASTA）、完整载体图谱（GenBank 格式）、结构变异报告、异质性比例分析、可视化比对图
核心优势：
  • 跨越复杂区域：单读长直接覆盖 ITR、LTR、高 GC 区、重复序列等传统测序盲区
  • 无需参考序列：de novo 组装，避免参考序列偏差导致的比对错误
  • 检测结构变异：精准识别大片段倒位、易位、串联重复、载体多聚体
  • 定量异质性：评估载体群体中截短型、完整型、超螺旋/开环比例
  • 全长覆盖验证：从启动子到 PolyA 的完整功能元件连续性确认
适用场景：
  • 质粒主库（MCB）/工作库（WCB）建立时的全序列确证
  • 病毒载体（AAV/慢病毒/腺病毒）包装用质粒的序列终检
  • 基因治疗载体批次放行与稳定性监测
  • 载体异常表达、包装效率下降时的根本原因分析
  • 载体知识产权确权（与公共序列的全基因组差异分析）

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果审计
  • 载体类型全覆盖：质粒 DNA、AAV、慢病毒、腺病毒、mRNA 模板均可检测
  • 无需参考序列依赖：de novo 组装直接还原载体真实结构，消除参考偏差