基因编辑脱靶检测产品方案

产品定位

面向基因治疗、细胞治疗及基因编辑研发企业，提供从候选脱靶位点验证到全基因组非预期编辑扫描再到结构变异深度解析的三级检测体系，覆盖 CRISPR-Cas9、碱基编辑、先导编辑等主流工具的安全性评估需求。

产品一：候选脱靶位点扩增测序

Site-Verify Amplicon NGS

核心用途：针对预测或已知的候选脱靶位点进行靶向扩增与高通量测序验证
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项目内容
检测策略候选位点靶向扩增 + NGS 深度测序
位点输入客户提供候选脱靶位点列表（如 Cas-OFFinder、CCTop、CHOPCHOP 预测结果）
扩增设计针对每个候选位点设计特异性引物，覆盖切割位点 ±200 bp
测序深度≥10,000× / 位点
检测灵敏度可检出频率 ≥0.1% 的脱靶编辑事件
分析内容编辑效率、indel 谱、碱基转换准确性
交付周期10-15 个工作日
交付物各位点编辑效率报告、indel 谱分析、原始测序数据、可视化比对图
适用场景：
  • 基于生物信息学预测的先筛后验证策略
  • 候选 gRNA 的脱靶风险对比评估
  • 高置信度脱靶位点的快速验证
  • 编辑后细胞系的靶向安全性放行

产品二：WGS-NGS 全基因组扫描

Genome-Wide NGS Profiling

核心用途：无偏倚检测全基因组范围内的非预期编辑事件
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项目内容
检测策略全基因组测序（WGS），Illumina 短读长平台
测序深度≥30×
覆盖范围全基因组无偏倚扫描，不依赖候选位点预测
变异检测SNP、InDel、拷贝数变异（CNV）
脱靶识别与未编辑对照样本比对，识别编辑特异性的新生变异
分析内容变异基因组坐标、编辑频率、序列上下文、功能注释
交付周期15-20 个工作日
交付物变异检测 VCF、新生变异列表、功能注释报告、可视化图谱
核心优势：
  • 无偏倚扫描：不依赖预测算法，发现未知脱靶位点
  • 全基因组覆盖：同时评估 on-target 区域与全基因组背景变异
  • 定量编辑频率：精确计算各变异位点的等位基因频率
适用场景：
  • 非预期靶向结果的无偏倚发现
  • 编辑后细胞系的全面基因组安全性评估
  • 不同编辑工具或 gRNA 方案的基因组影响对比
  • 碱基编辑器（CBE/ABE）的 DNA 脱靶检测

产品三：WGS-TGS 结构变异解析

SV-Map Long-Read Sequencing

核心用途：基于长读长测序深度解析编辑引起的染色体级别结构变异
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项目内容
检测策略全基因组测序（WGS），长读长测序平台
测序平台Oxford Nanopore（ONT）或 PacBio HiFi
测序深度≥30×
读长特性N50 ≥ 10 kb（ONT）/ ≥15 kb（PacBio HiFi）
变异检测大片段缺失（>1 kb）、重复、倒位、易位、染色体外环状 DNA（eccDNA）
断裂点定位单碱基分辨率定位双链断裂修复后的连接位点
结构变异验证长读长直接跨越复杂重排区域，无需拼接推断
交付周期20-25 个工作日
交付物结构变异 VCF、断裂点序列、CNV 图谱、eccDNA 检测报告、可视化 Circos 图
核心优势：
  • 跨越复杂区域：单读长覆盖重复序列、高 GC 区、着丝粒附近区域
  • 精准定位断裂点：直接读取 DSB 修复后的连接序列，区分 NHEJ/MMEJ/HDR
  • 检测隐匿性重排：识别短读长测序无法解析的平衡易位、倒位
  • eccDNA 专项检测：评估编辑后染色体外 DNA 环的形成风险
适用场景：
  • 基因治疗产品安全性评估（尤其是体内直接编辑）
  • 编辑后细胞系长期传代的基因组稳定性监测
  • 高保真 Cas 变体与普通 Cas9 的结构变异谱对比
  • 肿瘤风险相关的染色体不稳定性筛查

三级产品协同应用建议

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应用场景推荐组合目的
gRNA 筛选阶段产品一（候选位点验证）快速验证预测脱靶位点，优化 gRNA 设计
编辑后细胞系放行产品一 + 产品二候选位点验证 + 全基因组非预期扫描
治疗用细胞产品产品一 + 产品二 + 产品三全面安全性评估（候选位点 + 全基因组 + 结构变异）
长期稳定性监测产品二 + 产品三传代过程中新生变异与结构变异追踪
编辑工具安全性对比产品二 + 产品三不同 Cas 变体的全基因组影响谱比较
申报资料支持产品一 + 产品二 + 产品三完整的编辑安全性数据包

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果审计
  • 编辑工具全覆盖：CRISPR-Cas9、Cas12a、碱基编辑器（CBE/ABE）、先导编辑（PE）、TALEN、ZFN 均可检测
  • 平台灵活选择：NGS（Illumina）与 TGS（ONT / PacBio HiFi）根据项目需求最优配置