整合位点检测产品方案

产品定位

面向基因治疗、细胞治疗及基因编辑研发企业，提供从靶向验证已知整合位点到全基因组无偏倚扫描未知整合位点的两级检测体系，覆盖慢病毒载体、逆转录病毒载体、转座子及质粒随机整合等场景的整合位点精准定位需求。

产品一：靶向整合位点扩增测序

Site-Target Amplicon NGS

核心用途：针对已知或预测的候选整合位点进行靶向扩增与高通量测序验证
表格
项目内容
检测策略载体-宿主连接序列靶向扩增 + NGS 深度测序
位点输入客户提供候选整合位点（如 LM-PCR、LAM-PCR 预测结果）或载体特异性引物设计
扩增设计载体 LTR/ITR 特异性引物 + 宿主基因组随机引物组合，覆盖整合连接区域
测序深度≥10,000× / 位点
检测灵敏度可检出频率 ≥0.1% 的克隆整合事件
分析内容整合位点基因组坐标、插入方向、侧翼序列、克隆占比
交付周期10-15 个工作日
交付物整合位点列表、基因组坐标、侧翼序列、克隆频率、可视化比对图
核心优势：
  • 高灵敏度检测：深度测序精准定量低频整合克隆
  • 连接序列确认：直接读取载体-宿主基因组连接边界
  • 克隆追踪：评估整合位点在细胞群体中的克隆占比变化
适用场景：
  • 已知候选整合位点的快速验证
  • 细胞治疗产品（CAR-T 等）的整合位点克隆追踪
  • 不同载体批次或细胞代次的整合位点一致性比对
  • 长期培养后优势整合克隆的监测

产品二：全基因组整合位点扫描

Genome-Wide Integration Mapping

核心用途：基于三代长读长测序无偏倚扫描全基因组范围内的未知整合位点
表格
项目内容
检测平台Oxford Nanopore（ONT）或 PacBio HiFi
测序策略全基因组测序（WGS），长读长平台
测序深度≥30×
读长特性N50 ≥ 10 kb（ONT）/ ≥15 kb（PacBio HiFi）
检测范围全基因组无偏倚扫描，不依赖候选位点预测
整合位点识别载体序列与宿主基因组的嵌合读长直接定位
结构变异检测整合伴随的大片段缺失、易位、倒位、重复
克隆占比定量各整合位点的等位基因频率计算
功能影响评估整合位点邻近基因注释，评估插入突变风险
交付周期20-25 个工作日
交付物整合位点全图谱、基因组坐标、侧翼序列、结构变异报告、克隆占比分析、功能影响注释、可视化 Circos 图
核心优势：
  • 单分子直接定位：长读长一次性跨越载体-宿主连接区域，无需片段拼接推断
  • 无偏倚全基因组扫描：发现未知整合位点，包括沉默区、基因间区及重复序列区
  • 结构变异同步检测：识别整合引起的宿主基因组重排
  • 克隆组成全景分析：定量评估多克隆 vs 寡克隆 vs 单克隆整合模式
适用场景：
  • 基因治疗载体（慢病毒、逆转录病毒、转座子）的整合安全性评估
  • 治疗用细胞产品的整合位点全面审计
  • 整合相关 insertional mutagenesis 风险评价
  • 载体改造（如自灭活 LTR）后的整合特性对比

两级产品协同应用建议

表格
应用场景推荐组合目的
早期工艺开发产品二（全基因组扫描）全面表征载体整合特性，优化载体设计
细胞产品放行产品一（靶向验证）快速确认已知整合位点，监测克隆稳定性
安全性评估产品二（全基因组扫描）识别潜在致癌风险位点（如 near oncogene）
长期稳定性监测产品一（纵向时间点）追踪优势克隆演变，评估整合位点漂移
申报资料支持产品一 + 产品二靶向验证 + 全基因组扫描的完整数据包

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果审计
  • 载体类型全覆盖：慢病毒（LV）、逆转录病毒（RV）、腺相关病毒（AAV，整合型）、转座子（Sleeping Beauty、PiggyBac）、质粒随机整合均可检测
  • 平台灵活选择：靶向扩增 NGS 快速验证，三代 WGS 深度扫描，根据项目阶段最优配置