转录调控检测产品方案

产品定位

面向创新药研发、疾病机制研究及转化医学领域，提供从群体细胞 bulk 水平到单细胞精度、从常规短读长到全长长读长、从线性 RNA到非编码 RNA再到空间维度的全景式转录调控检测服务，支撑靶点发现、生物标志物鉴定、药物响应机制及细胞异质性研究。

一、Bulk 转录组测序

产品一：Bulk RNA-seq

Bulk-Seq Standard Transcriptome Profiling

核心用途：群体细胞基因表达定量与差异表达分析
表格
项目内容
测序策略Illumina 链特异性 RNA-seq，PE150
测序深度≥10M reads / 样本（标准）/ ≥30M reads（深度）
定量范围基因水平 + 转录本水平（参考基因组比对）
分析内容差异表达基因（DEG）、功能富集（GO/KEGG）、通路活性（GSEA）、可变剪接（AS）
样本类型细胞系、组织、FFPE、血液
交付周期15-20 个工作日
交付物表达矩阵、DEG 列表、火山图、热图、通路富集报告
适用场景：
  • 药物处理 vs 对照的表达谱差异
  • 疾病 vs 正常组织的转录特征
  • 大样本队列的生物标志物筛选

产品二：FL RNA-seq（ONT Full-Length）

FL-Seq Full-Length Transcriptome

核心用途：基于 ONT 长读长的全长转录本测序，精准解析可变剪接与融合基因
表格
项目内容
测序平台Oxford Nanopore（ONT）
读长特性平均读长 1-2 kb，最长覆盖完整转录本
测序深度≥5M reads / 样本
核心优势无需片段化，单分子读取全长转录本
分析内容完整转录本异构体（Isoform）鉴定、可变剪接事件（A5SS/A3SS/RI/MXE/SE）、融合基因、新转录本发现
交付周期20-25 个工作日
交付物全长转录本序列、Isoform 表达矩阵、剪接事件注释、融合基因列表、新转录本预测
适用场景：
  • 复杂可变剪接驱动的靶点发现（如 CD19 剪接异构体与 CART 耐药）
  • 融合基因（如 BCR-ABL）的精准鉴定
  • 长链非编码 RNA（lncRNA）完整结构解析

产品三：Direct RNA-seq（ONT 直接 RNA 测序）

Direct-Seq Native RNA Profiling

核心用途：直接对天然 RNA 进行测序，同步检测碱基修饰与 poly(A) 尾长
表格
项目内容
测序平台Oxford Nanopore（ONT），直接 RNA 测序试剂盒
测序策略无需反转录，纳米孔直接读取天然 RNA 分子
读长特性平均读长 1-2 kb，保留全长信息
同步检测m6A、m5C、Ψ 等碱基修饰（电流信号特征识别）
poly(A) 尾分析精确测量尾长分布（0-300 nt）
分析内容表达定量、可变剪接、修饰位点、尾长异质性
交付周期20-25 个工作日
交付物表达矩阵、修饰位点图谱、poly(A) 尾长分布、剪接异构体报告
核心优势：
  • 无反转录偏倚：直接读取天然 RNA，避免 cDNA 合成引入的偏差
  • 表观转录组同步：一次实验同时获得表达与修饰信息
  • 尾长功能关联：poly(A) 尾长与 mRNA 稳定性、翻译效率直接相关
适用场景：
  • 表观转录组驱动的靶点发现（如 m6A 阅读蛋白 YTHDF 家族）
  • mRNA 疫苗的修饰状态与稳定性评估
  • 翻译调控机制研究

二、单细胞转录组测序

产品四：Sc RNA-seq（单细胞 RNA-seq）

Sc-Seq Single-Cell Transcriptome

核心用途：高通量单细胞基因表达谱分析，解析细胞异质性
表格
项目内容
技术平台10x Genomics Chromium / BD Rhapsody
通量5,000-10,000 细胞 / 样本（标准）/ 最高 100,000+ 细胞
捕获策略微流控油包水 + 条形码标记（UMI）
测序深度≥50,000 reads / 细胞
分析内容细胞聚类、细胞类型注释、差异表达、拟时序分析、细胞通讯（CellChat）
交付周期25-30 个工作日
交付物细胞聚类图、UMAP/t-SNE 降维图、Marker 基因列表、细胞比例统计、通讯网络图
适用场景：
  • 肿瘤微环境免疫细胞浸润图谱
  • 药物响应的稀有细胞亚群鉴定
  • 发育分化轨迹重建

产品五：FL Sc RNA-seq（ONT 全长单细胞 RNA-seq）

FLSc-Seq Full-Length Single-Cell Transcriptome

核心用途：单细胞精度下的全长转录本测序，解析单细胞水平的可变剪接与异构体
表格
项目内容
技术平台10x Genomics 单细胞捕获 + ONT 长读长测序
捕获策略10x 条形码标记 + ONT 全长测序
读长特性单分子读取完整转录本，保留 10x 细胞条形码
分析内容单细胞异构体表达、细胞类型特异性剪接、融合基因单细胞鉴定
交付周期30-35 个工作日
交付物单细胞 Isoform 表达矩阵、细胞类型-剪接关联分析、融合基因单细胞分布
核心优势：
  • 单细胞 + 全长双重精度：同时获得细胞异质性与转录本完整性信息
  • 剪接异构体细胞特异性：发现细胞类型特异的功能性异构体
适用场景：
  • 神经元亚型的特异性剪接调控
  • 肿瘤克隆进化中的异构体转换
  • 免疫治疗响应的 T 细胞耗竭相关剪接事件

三、非编码 RNA 与特殊转录本测序

产品六：全转录组测序（Total RNA-seq）

Total-Seq Comprehensive RNA Profiling

核心用途：同步检测 mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA 前体等全部转录本
表格
项目内容
测序策略rRNA 去除（Ribo-Zero）+ 链特异性 RNA-seq
测序平台Illumina PE150
测序深度≥30M reads / 样本
检测范围mRNA + lncRNA + circRNA + snRNA + snoRNA + 其他 ncRNA
分析内容全转录本定量、ceRNA 网络（circRNA-miRNA-mRNA）、竞争性内源 RNA 调控
交付周期20-25 个工作日
交付物全转录本表达矩阵、ceRNA 网络图、ncRNA 功能注释、通路富集报告
适用场景：
  • 非编码 RNA 调控网络驱动的靶点发现
  • circRNA 作为 miRNA 海绵的功能验证
  • lncRNA 与染色质调控复合物的互作研究

产品七：miRNA 测序

miRNA-Seq Small RNA Profiling

核心用途：微小 RNA（miRNA）的高通量检测与靶基因调控网络分析
表格
项目内容
测序策略小 RNA 片段筛选（15-35 nt）+ 接头连接 + Illumina 测序
测序深度≥10M reads / 样本
检测范围已知 miRNA（miRBase）+ 新 miRNA 预测
分析内容miRNA 表达定量、差异表达、靶基因预测（TargetScan/miRDB）、miRNA-mRNA 调控网络
交付周期15-20 个工作日
交付物miRNA 表达矩阵、差异 miRNA 列表、靶基因预测、调控网络图、功能富集报告
适用场景：
  • 循环 miRNA 生物标志物发现
  • miRNA 替代疗法（如 miR-34a 模拟物）的靶点验证
  • 药物响应的 miRNA 调控机制

产品八：CircRNA 测序

Circ-Seq Circular RNA Profiling

核心用途：环状 RNA（circRNA）的高灵敏度检测与功能研究
表格
项目内容
测序策略RNase R 富集（去除线性 RNA）+ rRNA 去除 + 链特异性测序
测序平台Illumina PE150 或 ONT 长读长
检测范围已知 circRNA（circBase）+ 新 circRNA 预测
分析内容circRNA 表达定量、差异表达、miRNA 海绵潜力、翻译潜力（IRES/ORF 预测）、蛋白编码能力
交付周期20-25 个工作日
交付物circRNA 表达矩阵、差异 circRNA 列表、miRNA 海绵分析、翻译潜力评估、功能注释报告
核心优势：
  • RNase R 富集：特异性富集 circRNA，检测灵敏度提升 10 倍
  • 翻译潜力评估：预测具有 IRES 的 circRNA，发现新型小肽药物靶点
适用场景：
  • circRNA 作为 miRNA 海绵的调控机制
  • circRNA 编码功能性小肽的发现
  • circRNA 稳定性与 mRNA 疫苗设计优化

四、空间转录组测序

产品九：空间转录组（Spatial Transcriptomics）

Spatial-Seq Tissue-Level Transcriptome Mapping

核心用途：在组织切片原位水平解析基因表达的空间分布
表格
项目内容
技术平台10x Genomics Visium / Visium HD / Xenium（亚细胞分辨率）
空间分辨率55 μm（Visium）/ 2 μm（Visium HD）/ 0.2 μm（Xenium）
检测范围组织切片原位 mRNA 捕获 + 空间条形码标记
分析内容空间聚类、细胞类型空间分布、配体-受体互作空间共定位、肿瘤-微环境边界分析
交付周期25-35 个工作日（含组织优化测试）
交付物空间表达热图、细胞类型空间分布图、互作网络图、病理-表达关联分析
核心优势：
  • 原位空间信息：保留细胞在组织中的原始位置关系
  • 病理-表达关联：直接与 H&E 染色结果对比，关联形态与功能
适用场景：
  • 肿瘤免疫微环境的空间异质性
  • 药物渗透与响应的空间梯度分析
  • 发育器官的空间基因表达图谱

九种技术协同应用建议

表格
研究目标推荐组合目的
药物响应机制Bulk RNA-seq + Sc RNA-seq群体趋势 + 细胞亚群特异性响应
可变剪接靶点FL RNA-seq + FL Sc RNA-seq全长异构体发现 + 单细胞剪接异质性
表观转录组调控Direct RNA-seq碱基修饰与表达同步检测
非编码 RNA 网络全转录组 + miRNA + circRNAceRNA 网络构建与功能验证
肿瘤微环境Sc RNA-seq + 空间转录组细胞类型 + 空间位置双重解析
生物标志物发现Bulk RNA-seq（发现）+ Sc RNA-seq（验证）+ 空间转录组（定位）从表达到空间的多维度验证
mRNA 疫苗优化Direct RNA-seq + circRNA 测序修饰状态、稳定性与免疫原性评估

服务特色

  • 三流全程可追溯复现：样品流、实验流、数据分析流全链路记录，支持条码追踪、SOP 复现与结果复现
  • 多平台整合：Illumina（短读长）、ONT（长读长）、10x Genomics（单细胞/空间）根据研究目标最优配置
  • 干湿实验闭环：转录组发现可衔接蛋白验证、功能实验与药物筛选