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全长转录组测序是基于 TGS 测序技术的转录组测序，由于其技术的长读长和单分子特性，能够一次性读取真核生物的全长转录本信息，无需进行片段打断和拼接，从而避免了组装错误和潜在的信息丢失。这对于挖掘新转录本以及isoform（转录本亚型）的研究具有重要意义。它能够准确反映每个基因的转录本异质性，包括可变剪接、融合基因、polyA尾、乃至甲基化的变化等。

Pacbio 全长转录组

以往的Pacbio转录组（ISO-seq，左图）是基于SMRT技术对单个mRNA分子进行建库测序，受限于测序中的通量问题以及随之而来的成本问题。基于MAS-Seq串联技术的Kinnex full-length RNA测序技术（Kinnex，中间）正是因此而推出的新技术解决方案。该技术通过MAS-Seq方法将小片段的cDNA分子串联成较长的可用于HiFi测序的单分子长片段，与以往的Iso-seq文库相比，Kinnex全长RNA测序继承了ISO-seq全长及高准确度的有点，通量提高了8倍，伴随着测序平台的升级通量提高得更多（右图），支持多样品混样串联，降低了测序成本。该方案提供更多高质量的转录本信息，有助于深入理解基因表达调控机制和疾病发生发展的分子机制。适用于大规模的全长转录组研究，包括动植物全基因组注释、肿瘤疾病研究等。

ONT 全长转录组

ONT 全长转录组采用 PCR-cDNA 的建库方式，首先基于mRNA的poly A尾结构利用带有OligodT序列的引物将mRNA转化为互补DNA（cDNA）链，再通过后续PCR反应选择全长转录本，并完成扩增同时添加条形码标记（barcode）。最后，将快速测序接头连接到PCR产物上，完成测序文库的构建并进行上机测序。

对测序完成后的数据，我们通过ONT官方软件进行basecalling，利用basecalling后的fastq reads进行质控，得到高质量的测序数据后用于后续的生物信息分析。首先，根据建库过程中在序列两端添加的引物序列区分全长转录本，对全长reads转录本进行聚类校正得到全长一致性序列，然后利用全长的一致性序列进行后续转录本定性分析。同时，将全长reads与已知参考转录本序列比对，对转录本进行定量分析，如果有不同处理组合，后续进行基因和转录本的差异表达分析和差异基因功能富集分析。