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全转录组测序（Whole Transcriptome Sequencing, WTS）是一种对特定细胞或组织在某一功能状态下所有转录产物（包括mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA等）进行全面测序的技术。
一、技术原理
全转录组测序的技术原理主要基于以下步骤：
样品准备：从细胞或组织中提取总RNA，并进行质量检查，包括纯度、浓度和完整性。
RNA分离与纯化：根据研究目的，可能需要对特定类型的RNA（如mRNA、lncRNA等）进行分离和纯化。
文库构建：将纯化后的RNA进行片段化、逆转录、双链cDNA合成、末端修复、加接头等步骤，构建测序文库。此过程可能需要根据RNA类型进行不同的处理，如链特异性建库以保留mRNA的方向信息。
高通量测序：利用新一代测序平台（如Illumina、PacBio等）对文库进行测序，生成大量的RNA序列数据。
数据分析：对测序数据进行质量控制、比对到参考基因组或转录组、表达量计算、差异表达分析、功能注释和富集分析等，全面揭示转录组的动态变化和基因调控机制。
二、技术优势
全转录组测序相比传统的转录组分析方法具有显著的技术优势：
全面性：能够同时对mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA等多种RNA进行测序，全面反映转录组的复杂性。
高灵敏度：能够检测到低丰度的转录本，提高基因表达的检测能力。
高分辨率：能够精确测定转录本的序列和结构，包括可变剪切、融合基因等复杂事件。
链特异性：通过链特异性建库方法，可以保留mRNA的方向信息，提高基因表达定量的准确性和可靠性。
新发现能力：能够发现新的转录本、可变剪切位点、融合基因等，为基因调控机制的研究提供新视角。
三、应用领域
全转录组测序已广泛应用于多个领域，包括但不限于：
基础科学研究：揭示基因表达调控机制、转录本变异、基因与环境的相互作用等。
临床诊断：用于疾病分型、预后评估、靶向治疗指导等，特别是在肿瘤学、遗传性疾病等领域有重要应用。
药物研发：通过全转录组测序筛选药物靶点、评估药物疗效和毒性等，加速药物研发进程。
农业与生物技术：在作物改良、动物育种、微生物功能解析等方面发挥重要作用。
四、服务流程
全转录组测序的服务流程通常包括以下几个步骤：
样品接收与准备：接收客户提供的RNA样品，并进行质量检查。
文库构建：根据研究目的和RNA类型，选择合适的文库构建策略。
高通量测序：利用新一代测序平台对文库进行测序，生成测序数据。
数据分析：对测序数据进行质量控制、比对、表达量计算、差异表达分析、功能注释和富集分析等，生成详细的分析报告。
结果解读与咨询：向客户提供分析报告的解读和咨询服务，帮助客户理解测序结果并应用于实际研究中。
英文标题：
Non-coding RNA-Associated ceRNA Networks in a New Contrast-Induced Acute Kidney Injury Rat Model
中文标题：
非编码RNA相关ceRNA网络在大鼠急性肾损伤模型中的应用
研究背景：
造影剂诱发的急性肾损伤（CI-AKI）定义为暴露于碘造影剂后碘造影剂（CM）后 48-72 小时内的急性肾功能不全；研究证据表明多种 miRNA 与 lncRNA 与急性肾损伤（AKI）的发生和发展有关；ncRNAs 构成的 ceRNA 网络可能在 CI-AKI 的发展中发挥作用。
主要发现：
研究者共 38 个 circRNAs、12 个 lncRNAs、127 个 mRNAs 和 13 个 miRNAs 显著失调，研究发现了一些与肾损伤相关的通路，如氧化还原过程（GO:0055114）和氧化还原酶活性（GO:0016491）。Naglu 基因是肾小管间质损伤的指标，与炎症有关，如核因子 kB（NF-kB）激活。它可用于鉴别 AKI 类型和预测 AKI 的发生，尤其是肾前 AKI。 Gpnmb 是巨噬细胞炎症的负性调节因子，对 AKI 具有保护作用。结论：ceRNA 被显示在 CI-AKI 病程中发挥作用。
参考文献：
Cheng W, Li XW, Xiao YQ, Duan SB. Non-coding RNA-associated ceRNA networks in a new contrast-induced acute kidney injury rat model[J]. Molecular therapy nucleic acids, 2019, 17, 102?112.
下载网址：
https://www.cell.com/issue/S2162-2531(22)X0004-8