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在功能基因组学和表观遗传学研究中,发掘转录因子结合位点(Transcription FactorBinding Sites)一直是研究热点。传统的 ChIP-seq(染色质免疫共沉淀测序)方法,在抗体质量很好的情况下能够有效检测到转录因子结合位点。然而,要获得 ChIP-seq 级别的高质量抗体难度很大,所以高质量抗体的缺乏限制了 ChIP-seq 的大规模扩展。2016 年,Cell 期刊发表了使用 DNA 亲和纯化测序技术(DNA Affinity Purification Sequencing, DAP-seq)在基因组水平上,快速精准鉴定转录因子结合位点的论文(O'Malley et al., 2016)。2017 年,Nature Protocol 发表了DAP-seq 的实验方法(Bartlett et al., 2017)。DAP-seq 技术的出现,使转录因子结合位点的研究不再局限于任何物种,不再受抗体质量的限制,进一步拓展和加深了生命科学和医学领域的研究广度和深度。DAP-seq 是通过体外蛋白表达技术,表达出带有标签的转录因子,然后和基因组 DNA文库在体外进行结合,进一步分离出所有与转录因子结合的 DNA,再使用高通量测序技术,找到转录因子的结合位点。


DAP-seq 和 ChIP-seq 的技术特点




DAP-seq 实验技术流程


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DAP-seq 样品要求


1、每个转录因子需要新鲜组织样本 5 g,或者基因组 DNA 10 μg / 转录因子(DNA 浓度为 200 ng/μL,且无 RNA 和蛋白污染)。
2、含转录因子 CDS 序列的质粒(浓度不低于 30 ng/μL,至少 10 μL),提供测序报告。